قال الدكتور مدحت خليل، استشاري الجهاز الهضمي والكبد، إن آلام فم المعدة قد يكون سببها التهابات المرارة وحصى المرارة، وقد يكون سببها أيضًا التهاب في المعدة مع التقاء المريء نتيجة الارتجاع، والسبب الثالث هو التهابات البنكرياس أو القولون المستعرض.
ومن ضمن أسباب آلام فم المعدة أيضًا مشاكل القلب، وأحيانًا آلام الغدة الكظرية والكليتين، وقد يرجع سبب الألم إلى وجود مشاكل في التروية الدموية للجهاز الهضمي، حيث توجد شرايين تغذي المعدة وجزء من القولون، وعند حدوث ضيق في هذه الشرايين يشعر المريض بألم في منطقة فم المعدة وانتفاخات، وأحيانًا إسهال مدمم، وقد يصل الأمر إلى حد الانسداد المعوي.
كما أن ألم فم المعدة قد يكون مرتبط عند بعض السيدات بالدورة الشهرية، لأن مرض بطانة الرحم المهاجرة قد يسبب ألم في فم المعدة.